Phong trào Cơ Đốc giáo phi hệ phái khởi phát từ trong cộng đồng Kháng Cách (Protestant), xem mình là một phần của hội thánh chung trong mục tiêu hiệp nhất hội thánh về mặt tổ chức.

Khái niệm về hội thánh hữu hình và hội thánh vô hình đã có từ thời Augustine,[1] lần đầu tiên được Martin Luther nêu lên tỏ tường,[2] và sau đó dược John Calvin đưa vào nên thần học của mình.[3] Đó là cách Luther giải quyết điều có vẻ như bất nhất giữa những phẩm chất của Hội thánh như chúng ta thấy được miêu tả trong Kinh Thánh với những đặc tính của Hội thánh thực ngoài đời, như hiện có trên thế gian này. Ông nêu lên rằng Hội thánh thật (tức hội thánh vô hình) chỉ bao gồm những người được xưng công chính, những người được thông công với Thiên Chúa trong ơn cứu rỗi mà thôi.[4]

Tuy nhiên, không thể nói rằng mục tiêu hiệp nhất hội thánh trong cấu trúc hữu hình không được xem trọng trong thời kỳ Cải cách Kháng Cách vào thế kỷ 16. Các nhà cải cách tin rằng họ đang nỗ lực sửa đổi hội thánh chung, kiên quyết bác bỏ mọi cáo buộc cho rằng họ tìm cách ly giáo và rao giảng những giáo lý mới. Theo quan điểm của những nhà cải cách, họ đang trở về những giá trị nền tảng của hội thánh tiên khởi mà giáo hội thời trung cổ đã từ bỏ. Do đó, nguyên lý hiệp nhất hội thánh chung vẫn tiếp tục là giáo lý căn cốt đối với các giáo hội thuộc cộng đồng Kháng Cách.

Nhà thờ liên phái đầu tiên tại Hoa Kỳ là Hội thánh Liên hiệp Kenilworth, tại Kenilworth, Illinois, thành lập năm 1891.

Kể từ cuối thập niên 1950, con số các giáo đoàn liên phái thuộc Phong trào Tin Lành gia tăng theo cấp số nhân. Nhiều sử gia giải thích hiện tượng này là do tình trạng bùng nổ dân số sau chiến tranh cùng lúc với mức sống được nâng cao tại Hoa Kỳ, cũng như thái độ e dè của người dân đối với các định chế quyền lực xuất hiện trong nền văn hóa Mỹ sau khi xảy ra vụ Watergate và các vụ tai tiếng khác.

Tuy nhiên, đối với nhiều người, nguyên nhân chính của sự phát triển này là sự gia tăng tình cảm tôn giáo dành cho Chúa Giê-xu. Họ tin rằng quyết định gia nhập một hệ phái không chỉ làm xao lãng sự tập trung của họ vào Chúa Cơ Đốc mà còn có thể bị lôi cuốn vào một số nguyên tắc giáo phái, là những điều có thể gây tổn hại cho tinh thần hiệp nhất trong Chúa Cơ Đốc. Họ thích tự nhận mình là Cơ Đốc nhân (nghĩa là người thuộc về Chúa Cơ Đốc,[5] hoặc là người thuộc về nhà Chúa.[6]) với ngụ ý tâm điểm đời sống đức tin của họ là Chúa Giê-xu Cơ Đốc chứ không phải là giáo hội hoặc giáo phái.

Số lượng thuộc viên của các hội thánh liên phái có thể từ vài người,[7] đến những đại giáo đoàn qui tụ từ 1.500 thuộc viên trở lên.